Die Trocknung der Hände kann durch Warmlufttrockner oder Papierhandtücher erfolgen. Aufwickelhandtücher müssen antimikrobiell ausgerüstet sein, damit sich keine Stockflecken bilden. Eine solche Imprägnierung bewirkt natürlich keine Desinfektion der Hände. Hierfür reichen Menge und Einwirkungszeit des antimikrobiellen Stoffes nicht aus. Es ist hinreichend bekannt, dass Handtücher für den mehrmaligen Gebrauch (Gruppenhandtücher) rasch verkeimen. Daher sollten sie nicht eingesetzt werden. Gute Ergebnisse werden in der Praxis mit Papier bzw. Einmalhandtüchern erzielt. Die Trocknung ist für die Haut schonend, die Hygieneergebnisse sind gut. Selbstverständlich ist dann auch darauf zu achten, dass die verbrauchten Papierhandtücher in dicht schließenden Behältern gesammelt und täglich geleert sowie die Behälter desinfiziert werden.
Durch die höhere Temperatur ist die Trocknung der Hände mit Warmlufttrocknem für die Haut nicht so günstig. Durch den Luftstrahl werden Keime, wenn auch wenig, aufgewirbelt. Sie gelangen auf die Haut bzw. auf die frisch gereinigten Hände. Auch bei großer Eile sollten die Fingerzwischenräume nicht vergessen werden. Wenn nach der Reinigung ein flüssiges Desinfektionsmittel angewendet wird, müssen die Hände trotzdem vorher abgetrocknet werden. Das Desinfektionsmittel soll in der vorgesehenen Konzentration einwirken und nicht durch Wasser verdünnt werden.