Genügt die Händereinigung den hygienischen Anforderungen nicht, kommt als nächste Stufe die Händedesinfektion dazu. Während des Betriebsablaufes kann es möglich sein, dass zwischenzeitlich nur eine Händedesinfektion erfolgt ohne vorausgehende Reinigung. Ansonsten hat die Händedesinfektion generell nach der Händereinigung zu erfolgen und nicht umgekehrt. Letzteres wäre erfahrungsgemäß besonders hautbelastend.
Die Händedesinfektion hat die Aufgabe, die Keime der Hautflora massiv zu vermindern. Eine vollkommene Keimfreiheit der Haut ist selbst mit den stärksten Desinfektionsmitteln unrealistisch, da aus den tieferen Schichten der Haut ständig Keime an die Oberfläche nachgeliefert werden können. Desinfektion bedeutet auch nicht Keimfreiheit, sondern Freiheit von krankmachenden Keimen. Das Irritationspotential der Desinfektionspräparate wird oft weit unterschätzt. Ist die Haut erst einmal trocken, rissig oder gereizt, ist die Versuchung groß, die Händehygiene nicht mehr sorgfältig und häufig genug durchzuführen. Deshalb ist bei Desinfektionsmaßnahmen besonders auf das Vorliegen eines Hautschutzplanes zu achten. Besonders wichtige Zeitpunkte für die Händedesinfektion sind Zeitpunkt vor der ersten Arbeitsaufnahme, nach Arbeiten mit möglicherweise stark kontaminierten Produkten sowie vor allem nach einem Toilettenbesuch.
Bei einem Händedesinfektionsmittel spielt der Zeitfaktor (30 Sek.) eine große Rolle. Das Händedesinfektionsmittel wird auf die trockene Haut angewandt, es wird in der Regel eingerieben, es erfolgt kein Abtrocknen des Händedesinfektionsmittels.
In vielen Bereichen sind Desinfektionsmittel auf alkoholischer Basis geeignet, sie stellen etwa 70 % der eingesetzten Mittel. Gründe hierfür sind die kurze Einwirkzeit, außerdem die Tatsache, dass die notwendige Einwirkzeit und die Trocknungszeit übereinstimmen. Somit fällt die Eigenkontrolle der Hygienemaßnahme leichter. Die Präparate sind in der Desinfektionsmittel-Liste der DGHM (Deutsche Gesellschaft für Hygiene und Mikrobiologie) enthalten. Sie sind nach den „Richtlinien für die Prüfung von chemischen Desinfektionsmitteln" geprüft. In alkoholhaltigen Desinfektionsmitteln sind oft Wirkstoffe mit bakteriostatischer (bakterienhemmender) und / oder fungistatischer (pilzhemmender) Wirkung enthalten. Diese zusätzlichen Wirkstoffe haben keine Sofortwirkung (30 Sek. Einwirkzeit), sie unterstützen jedoch die Langzeitwirkung. Die Keimreduktion auf der Haut beträgt ca. 99,99 %.
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