Bestimmte Mikroorganismen (Keime) sind bei einigen Getränken gewollter Bestandteil (z. B. Hefen in naturtrüben Bieren). In den meisten Fällen sind Keime (z. B. Milchsäure-, Essigsäurebakterien, Fremdhefen Schimmelpilze, Pseudomonaden) jedoch unerwünscht, da sie schnell zum Verderb von Getränken führen können.
Mikroorganismen befinden sich praktisch überall und gelangen bspw. beim Anschließen des Getränke- oder Grundstoffbehälters oder beim Öffnen des Zapfhahnes in die Anlage. Die Keime vermehren sich und bilden Beläge in der Anlage. Diese Keime und ihre Stoffwechselprodukte führen zu Trübungen im Getränk und verändern dessen Geschmack.
Das Trübwerden eines Getränkes wird fast immer durch Keime aus einer schlecht gereinigten Getränkeschankanlage verursacht.
Schon eine leichte Trübung (bei einem normalerweise klaren Getränk) oder geschmackliche Abweichungen sind ein deutlicher Hinweis auf mangelnde Hygiene.
So ein Getränk entspricht nicht mehr den hohen Qualitätsstandards der Getränkehersteller und darf nicht mehr abgegeben werden.
Neben den Mikroorganismen beeinflussen noch Ablagerungen aus Hopfenbestandteilen, kristalline Ablagerungen (z. B. Bieroder Weinstein) sowie Getränkereste die Hygiene. Hopfenharze lagern sich in Leitungen an. Man erkennt dies an einer gelben bis braunen Verfärbung in der Getränkeleitung. Solche Beläge erschweren das Reinigen der Anlage und begünstigen die Ansiedelung und das Wachstum von Mikroorganismen.