Die Biostoffverordnung geht auf die europäische Richtlinie 90/679/EWG (kodifizierte Fassung Richtlinie 2000/54/EG) zurück, die ursprünglich für den speziellen Bereich der Biotechnologie konzipiert worden war, in dem gezielt Mikroorganismen eingesetzt werden. Um die Thematik abschließend zu regeln, wurden aber auch alle anderen Tätigkeiten, bei denen Beschäftigte Biostoffen ausgesetzt sein können (nicht gezielte Tätigkeiten) ebenfalls in der Richtlinie berücksichtigt.